本研究所は九州大学伊都キャンパス内にあり、サテライトを米国イリノイ大学に設置しています。
研究部門はテーマに応じて設置され、所長は、運営委員会の意見を参考にしながら研究所の運営を行います。
また、関連分野の国内外のリーダーからなる外部アドバイザリー委員会によって研究所全体の評価が毎年行われます。
本研究所は、最高レベルの学術スタンダードに則って運営されます。

I²CNERは、ミッション達成に向け、国際的に著名な研究所や大学、国内外の研究室などと連携体制を構築しています。
これらの連携体制が、研究者や研究所同士の交流を促進し、研究者の連携や学際的研究（分野融合）への発展に寄与しています。

• 所長は、研究の方向性の設定、研究所運営、研究の質の確保に関する全面的な権限を有し、その責任を負います。
• 外部アドバイザリー委員会が運営及びプログラムに関して毎年評価を行い、委員会メンバーは国際的なコミュニティから採用されます。
• 支援部門は研究所の効率的な運営・管理を確保します。英語が公用語です。